Struktur organisasi Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak menggambarkan tata kelola kelembagaan yang terdiri atas unsur pimpinan, penjaminan mutu, program studi, serta tenaga kependidikan dan dosen.
Adapun unsur dalam struktur organisasi meliputi:
- Dekan : M. Alias, S.Ag., S.Pd., M.S.i
- Wakil Dekan : Elin B Somantri, S.Ag., M. Pd
- Ketua Program Studi PAI : Dr. Hj. Yusida Imran, S.Pd., M.Pd., Kons
- Ketua Program Studi MBS : Aiyub Anshori, S.HI., MH
- Tata Usaha PAI : Marta Lisa, SE
- Tata Usaha MBS : Evi Sopiyana, S.Pi
- Dosen-Dosen
Struktur ini menjadi dasar koordinasi dalam pelaksanaan kegiatan akademik dan administrasi di lingkungan Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak.