Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak merupakan salah satu lembaga pendidikan tinggi Islam di Kalimantan Barat. Salah satu indikator mutu tersebut dapat dilihat dari status akreditasi Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) yang terakreditasi B.
Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) di lingkungan Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak menjadi bagian penting dalam pengembangan pendidikan Islam di Kalimantan Barat. Program ini diselenggarakan untuk menjawab kebutuhan masyarakat terhadap tenaga pendidik dan sarjana di bidang Pendidikan Agama Islam yang profesional dan berintegritas.
Perkuliahan pada Program Studi Pendidikan Agama Islam dilaksanakan melalui dua (2) model, yaitu:
- Kelas Reguler A, yaitu perkuliahan yang dilaksanakan setiap hari Senin sampai Sabtu sore.
- Kelas Reguler B, yaitu program perkuliahan yang dilaksanakan pada waktu khusus, yakni Jumat, Sabtu, dan Minggu. Program ini ditujukan bagi guru atau tenaga pendidik yang telah bekerja sehingga perkuliahan dapat disesuaikan dengan aktivitas kerja.
Seluruh proses studi dapat diselesaikan dalam waktu 7 (tujuh) semester dengan total beban 146 SKS. Lulusan berhak menyandang gelar Sarjana Pendidikan Islam (S.Pd.I).
Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak berkomitmen untuk menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas, berlandaskan nilai-nilai keislaman, serta berorientasi pada pengembangan ilmu pengetahuan dan pengabdian kepada masyarakat di Kalimantan Barat.
Pada tahun 1991, UMP mendirikan Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam sesuai dengan SK Menteri Agama Nomor: 125 Tahun 1991 tanggal 12 Juli 1991. Kemudian pada tahun 1996. Sesuai dengan SK Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 499 Tahun 1996, Fakultas (FAI) Tarbiyah berubah nama menjadi Fakultas Agama Islam, kemudian pada tahun yang sama Fakultas Pertanian berubah menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.
Pada tahun 2002, FAI mendirikan Program Diploma II Pendidikan Guru Taman Kanak-Kanak Islam (PGTKI) sesuai dengan SK Koordinator Kopertais Wilayah XI Kalimantan Nomor: C/II/07/2002, dan ditutup pada tahun 2006 karena UMP mendirikan prodi Diploma II Pendidikan Anak Usia Dini.