Struktur organisasi Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak menggambarkan tata kelola kelembagaan yang terdiri atas unsur pimpinan, penjaminan mutu, program studi, serta tenaga kependidikan dan dosen.
Adapun unsur dalam struktur organisasi meliputi:
- Senat Fakultas
- Dekan
H. Nilwani Hamid, S.Ag., M.Pd. - Wakil Dekan
Eli, S.Ag., M.Pd.I - Gugus Penjaminan Mutu Fakultas
- Tata Usaha
Nurhadi, S.Pd.I - Program Studi
- Ketua Program Studi
Wahdah, S.Ag., M.Pd - Dosen-Dosen
Struktur ini menjadi dasar koordinasi dalam pelaksanaan kegiatan akademik dan administrasi di lingkungan Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Pontianak.